未名实验班：为优秀学生配备强大的师资团队，从学习习惯、方法策略、学业规划等方面对学生进行三年一贯的精准指导，共享本部先进的学习资源。教师团队有序到本部跟岗交流，与本部教师集体教研，参与教师发展中心和北京大学教育学院的各类培训项目。定期邀请本部优秀教师到深圳学校开设示范课。 博雅实验班：在完成好国家课程的基础上，充分利用北京本部课程建设的成果，开设竞赛类、科技类、人文类和自然类校本课程，适应不同基础、不同兴趣和特长的学生的需求。定期邀请本部优秀教师到深圳学校开设专题讲座和特色课程。 元培实验班（通过一类自招、冬令营选拔学生组建而成）：为卓越学生创造条件，深度融入北京大学的学术环境，浸润北大文化，共享北京大学深圳研究生院的教育资源，为他们量身设计培养方案，设置学业导师，参与北大的校园活动。